Der Freistaat hat im Süden Anteil am Hochgebirge der Ostalpen und an dem bis zur Donau reichenden flachen Alpenvorland.
Nördlich der Donau bestimmen Mittelgebirge wie der Bayerische Wald oder das Fichtelgebirge das Landschaftsbild.
Auch besitzt Bayern im Westen, zwischen Nördlinger Ries und dem Donauried bei Dillingen an der Donau, Anteile an der Schwäbischen Alb, auch als Riesalb bekannt.
Östlich vom Nördlinger Ries erstreckt sich die Fränkische Alb.
Mit Mainfranken besitzt Bayern eine der wichtigsten Weinregionen Deutschlands.